Shinji, egy 14 éves fiú, aki
egy nap az apja egyik munkatársától Misato-tól kap egy levelet, miszerint
találtozzanak Tokio-ban.
Shinji elmegy a találkozóra, de egy ismeretlen lény
megtámadja a várost.Mikor Misato odaér, elmondja
Shinji-nek, hogy az egy Adam, egy úgynevezett
angyal, ami azért jött a földre, hogy végleg
elpusztítja. Shin, belép a NREV szervezetébe, ahol a 01-es eva pilótája lesz a 2.
gyermek. Megtanulja,
hogyan kell vezetni egy Evangeliont, és megismeri a
00-ás eva piótáját az1. gyermeket, akit Rei
Ayanami-nak hívnak. Eleinte nem nagyon jönnek ki, majd
Rei beleszeret és ez kölcsönös lesz. Egy kis idő múlva egy
Askua nevű lány is csatlakozik hozzájuk, a 02-es
eva pilótája a 3. gyermek, Asuka.

És megkezdődik a harc.